Hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế là hóa đơn điện tử được Cơ quan thuế cấp mã trước khi tổ chức, cá nhân bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ gửi cho người mua.

Theo Thông tư 78/2021/TT-BTC đối với nội dung về giá trị trên hóa đơn điện tử có sai sót thì: điều chỉnh tăng (ghi dấu dương), điều chỉnh giảm (ghi dấu âm) đúng với thực tế điều chỉnh.

Điều 6, khoản 1, 3 TT78:
Khoản 1: Chuyển dữ liệu hóa đơn điện tử không có mã đã lập đến cơ quan thuế đối với trường hợp quy định tại điểm a.2 khoản 3 Điều 22 Nghị định số 123/2020/NĐ-CP thực hiện như sau: Người bán sau khi lập đầy đủ các nội dung hóa đơn gửi hóa đơn điện tử cho người mua và đồng thời gửi hóa đơn điện tử cho cơ quan thuế, chậm nhất là trong cùng ngày gửi cho người mua. Khoản 3: Trường hợp cung cấp dịch vụ ngân hàng ngày lập hóa đơn thực hiện định kỳ theo hợp đồng giữa hai bên kèm bảng kê hoặc chứng từ khác có xác nhận của hai bên, nhưng chậm nhất là ngày cuối cùng của tháng phát sinh hoạt động cung cấp dịch vụ; Trường hợp cung cấp dịch vụ ngân hàng với số lượng lớn, phát sinh thường xuyên, cần có thời gian đối soát dữ liệu giữa ngân hàng và các bên thứ ba có liên quan (tổ chức thanh toán, tổ chức thẻ quốc tế hoặc các tổ chức khác), thời điểm lập hóa đơn là thời điểm hoàn thành việc đối soát dữ liệu giữa các bên nhưng chậm nhất không quá ngày 10 của tháng sau tháng phát sinh.

Theo khoản 1, điều 29 của Nghị Định 123/2020/NĐ-CP quy định khi chuyển sang Thông tư 78/2021/TT-BTC sẽ không cần phải báo cáo tình hình sử dụng hóa đơn theo quý.

Đối với hóa đơn điện tử là tem, vé, thẻ thì trên hóa đơn không nhất thiết phải có chữ ký số của người bán (trừ trường hợp tem, vé, thẻ là hóa đơn điện tử do cơ quan thuế cấp mã), tiêu thức người mua (tên, địa chỉ, mã số thuế), tiền thuế, thuế suất thuế giá trị gia tăng. Trường hợp tem, vé, thẻ điện tử có sẵn mệnh giá thì không nhất thiết phải có tiêu thức đơn vị tính, số lượng, đơn giá.

Theo khoản 3, điều 29 Nghị định 123/2020/NĐ-CP có quy định, trường hợp doanh nghiệp, tổ chức kinh tế, hộ, cá nhân kinh doanh chuyển địa điểm kinh doanh đến địa bàn khác địa bàn cơ quan thuế đang quản lý trực tiếp thì phải nộp báo cáo tình hình sử dụng hóa đơn và bảng kê hóa đơn sử dụng trong kỳ với cơ quan thuế nơi chuyển đi.

Theo điểm b1, b2; mục b, khoản 2, điều 19, Nghị định 123/2020/ND-CP quy định:
Trường hợp có sai: mã số thuế; sai sót về số tiền ghi trên hóa đơn, sai về thuế suất, tiền thuế hoặc hàng hóa ghi trên hóa đơn không đúng quy cách, chất lượng thì có thể lựa chọn một trong hai cách sử dụng hóa đơn điện tử như sau:
b1) Người bán lập hóa đơn điện tử điều chỉnh hóa đơn đã lập có sai sót. Trường hợp người bán và người mua có thỏa thuận về việc lập văn bản thỏa thuận trước khi lập hóa đơn điều chỉnh cho hóa đơn đã lập có sai sót thì người bán và người mua lập văn bản thỏa thuận ghi rõ sai sót, sau đó người bán lập hóa đơn điện tử điều chỉnh hóa đơn đã lập có sai sót. Hóa đơn điện tử điều chỉnh hóa đơn điện tử đã lập có sai sót phải có dòng chữ “Điều chỉnh cho hóa đơn Mẫu số… ký hiệu… số… ngày… tháng… năm”.
b2) Người bán lập hóa đơn điện tử mới thay thế cho hóa đơn điện tử có sai sót trừ trường hợp người bán và người mua có thỏa thuận về việc lập văn bản thỏa thuận trước khi lập hóa đơn thay thế cho hóa đơn đã lập có sai sót thì người bán và người mua lập văn bản thỏa thuận ghi rõ sai sót, sau đó người bán lập hóa đơn điện tử thay thế hóa đơn đã lập có sai sót. Hóa đơn điện tử mới thay thế hóa đơn điện tử đã lập có sai sót phải có dòng chữ “Thay thế cho hóa đơn Mẫu số… ký hiệu… số… ngày… tháng… năm”. Người bán ký số trên hóa đơn điện tử mới điều chỉnh hoặc thay thế cho hóa đơn điện tử đã lập có sai sót sau đó người bán gửi cho người mua (đối với trường hợp sử dựng hóa đơn điện tử không có mã của cơ quan thuế) hoặc gửi cơ quan thuế để cơ quan thuế cấp mã cho hóa đơn điện tử mới để gửi cho người mua (đối với trường hợp sử dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế).